Il Fondo SANITALIA nasce nel dicembre 2004 come cassa mutua per tutti i lavoratori delle aziende siglanti gli accordi bilaterali di riferimento.
Le politiche specifiche del fondatore prevederono l'accessibilità universale alle prestazioni del fondo senza discriminazioni sullo stato di salute pregresso.
Istituito ai sensi dell'art. 9 Decreto Legislativo n. 502 del 30 dicembre 1992, il fondo viene conferito a fondazione onlus con decorrenza 01 gennaio 2010.
Il Fondo ha come unico scopo quello di garantire agli Associati un sistema previdenziale di prestazioni e servizi integrativi di assistenza sanitaria, ai sensi dell’art.9 Decreto Legislativo n. 502 del 30 dicembre 1992.
Il Fondo, iscritto all'Anagrafe dei fondi sanitari presso il Ministero della Salute, non effettua politiche di selezione dei rischi. La normativa di riferimento sulla gestione dei Fondi integrativi del S.S.N. è il D.M. 27 ottobre 2009.
Il 1 luglio 2016 il Fondo SANITALIA ha siglato il protocollo d'intesa con il comitato promotore per la costituzione, in partnership con l'Università degli Studi di Modena e Reggio Emilia, della start-up innovativa EXER GENOMICS, dedicata alla ricerca scietifica avanzata nel settore delle cellule staminali e della terapia genetica.